Antik kentin girişleri de dönemin savunma anlayışını yansıtıyor. Yapılan incelemelerde, Çeşka Yeraltı Şehri'nin üç farklı giriş kapısına sahip olduğu belirlendi. Kuzeybatıdaki ana girişin zamanla kapanmış olmasına rağmen, güney ve kuzey yönündeki diğer iki girişin izleri bugün bile görülebiliyor. Bu çoklu giriş sistemi, hem güvenlik hem de lojistik açıdan planlı bir yapıya işaret ediyor.
Yeraltı şehrinin iç yapısı, ziyaretçilerini dar galerilerle başlayıp geniş salonlara açılan gizemli bir labirente davet ediyor. Özellikle kuzeydeki dar bir geçitten ilerleyenler, tonoz tavanlı etkileyici bir salona ulaşıyor. Yaklaşık 1.30 metre yüksekliğindeki bu ana salonun etrafında ise çeşitli odalar ve nişler sıralanıyor. Bu düzenleme, şehrin sadece bir sığınak değil, aynı zamanda belirli işlevlere sahip yaşam alanlarını da barındırdığını gösteriyor.
Çeşka Yeraltı Şehri'nin en dikkat çekici özelliklerinden biri de gelişmiş havalandırma sistemi. Batı bölümünde yer alan odalarda tespit edilen havalandırma bacaları, yeraltında dahi temiz hava akışının sağlandığını kanıtlıyor. Bu mühendislik harikası detay, o dönemdeki insanların yaşam kalitesine verdikleri önemi ve teknik bilgilerinin ne kadar ileri düzeyde olduğunu ortaya koyuyor.
Bölgede yapılan arkeolojik kazılar ve yüzey araştırmaları, Çeşka'nın zengin tarihini belgeleyen önemli bulgularla dolu. Tepenin zirvesinde yer alan çok sayıda kaya mezarı ile birlikte, Frig, Roma ve Bizans dönemlerine ait seramik parçaları, şehrin binlerce yıl boyunca farklı medeniyetlere ev sahipliği yaptığını gözler önüne seriyor. Bu buluntular, bölgenin kültürel katmanlarının ne denli zengin olduğunu gösteriyor.
Çeşka Yeraltı Şehri'ndeki ilk kapsamlı çalışmalar, 2008 yılında Müze Müdürlüğü tarafından başlatılan temizlik ve inceleme faaliyetleriyle hız kazandı. Bu çalışmalar sayesinde, yeraltı şehrinin önemli bir kısmı gün yüzüne çıkarılarak bilim dünyasına tanıtıldı. Bölgedeki araştırmaların devam etmesiyle birlikte, Çeşka'nın henüz keşfedilmeyi bekleyen daha birçok sırrını açığa çıkarması ve Yozgat'ın kültürel mirasına yeni bir boyut katması bekleniyor.